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Risk for late-onset Alzheimer's disease (LOAD), the most prevalent dementia, is partially driven by genetics. To identify LOAD risk loci, we performed a large genome-wide association meta-analysis of clinically diagnosed LOAD (94,437 individuals). We confirm 20 previous LOAD risk loci and identify five new genome-wide loci (IQCK, ACE, ADAM10, ADAMTS1, and WWOX), two of which (ADAM10, ACE) were identified in a recent genome-wide association (GWAS)-by-familial-proxy of Alzheimer's or dementia. Fine-mapping of the human leukocyte antigen (HLA) region confirms the neurological and immune-mediated disease haplotype HLA-DR15 as a risk factor for LOAD. Pathway analysis implicates immunity, lipid metabolism, tau binding proteins, and amyloid precursor protein (APP) metabolism, showing that genetic variants affecting APP and Aβ processing are associated not only with early-onset autosomal dominant Alzheimer's disease but also with LOAD. Analyses of risk genes and pathways show enrichment for rare variants (P = 1.32 × 10-7), indicating that additional rare variants remain to be identified. We also identify important genetic correlations between LOAD and traits such as family history of dementia and education.
Genetic meta-analysis of diagnosed Alzheimer's disease identifies new risk loci and implicates Aβ, tau, immunity and lipid processing
Kunkle B. W.;Grenier-Boley B.;Sims R.;Bis J. C.;Damotte V.;Naj A. C.;Boland A.;Vronskaya M.;van der Lee S. J.;Amlie-Wolf A.;Bellenguez C.;Frizatti A.;Chouraki V.;Martin E. R.;Sleegers K.;Badarinarayan N.;Jakobsdottir J.;Hamilton-Nelson K. L.;Moreno-Grau S.;Olaso R.;Raybould R.;Chen Y.;Kuzma A. B.;Hiltunen M.;Morgan T.;Ahmad S.;Vardarajan B. N.;Epelbaum J.;Hoffmann P.;Boada M.;Beecham G. W.;Garnier J. -G.;Harold D.;Fitzpatrick A. L.;Valladares O.;Moutet M. -L.;Gerrish A.;Smith A. V.;Qu L.;Bacq D.;Denning N.;Jian X.;Zhao Y.;Del Zompo M.;Fox N. C.;Choi S. -H.;Mateo I.;Hughes J. T.;Adams H. H.;Malamon J.;Sanchez-Garcia F.;Patel Y.;Brody J. A.;Dombroski B. A.;Naranjo M. C. D.;Daniilidou M.;Eiriksdottir G.;Mukherjee S.;Wallon D.;Uphill J.;Aspelund T.;Cantwell L. B.;Garzia F.;Galimberti D.;Hofer E.;Butkiewicz M.;Fin B.;Scarpini E.;Sarnowski C.;Bush W. S.;Meslage S.;Kornhuber J.;White C. C.;Song Y.;Barber R. C.;Engelborghs S.;Sordon S.;Voijnovic D.;Adams P. M.;Vandenberghe R.;Mayhaus M.;Cupples L. A.;Albert M. S.;De Deyn P. P.;Gu W.;Himali J. J.;Beekly D.;Squassina A.;Hartmann A. M.;Orellana A.;Blacker D.;Rodriguez-Rodriguez E.;Lovestone S.;Garcia M. E.;Doody R. S.;Munoz-Fernadez C.;Sussams R.;Lin H.;Fairchild T. J.;Benito Y. A.;Holmes C.;Karamujic-Comic H.;Frosch M. P.;Thonberg H.;Maier W.;Roschupkin G.;Ghetti B.;Giedraitis V.;Kawalia A.;Li S.;Huebinger R. M.;Kilander L.;Moebus S.;Hernandez I.;Kamboh M. I.;Brundin R.;Turton J.;Yang Q.;Katz M. J.;Concari L.;Lord J.;Beiser A. S.;Keene C. D.;Helisalmi S.;Kloszewska I.;Kukull W. A.;Koivisto A. M.;Lynch A.;Tarraga L.;Larson E. B.;Haapasalo A.;Lawlor B.;Mosley T. H.;Lipton R. B.;Solfrizzi V.;Gill M.;Longstreth W. T.;Montine T. J.;Frisardi V.;Diez-Fairen M.;Rivadeneira F.;Petersen R. C.;Deramecourt V.;Alvarez I.;Salani F.;Ciaramella A.;Boerwinkle E.;Reiman E. M.;Fievet N.;Rotter J. I.;Reisch J. S.;Hanon O.;Cupidi C.;Andre Uitterlinden A. G.;Royall D. R.;Dufouil C.;Maletta R. G.;de Rojas I.;Sano M.;Brice A.;Cecchetti R.;George-Hyslop P. S.;Ritchie K.;Tsolaki M.;Tsuang D. W.;Dubois B.;Craig D.;Wu C. -K.;Soininen H.;Avramidou D.;Albin R. L.;Fratiglioni L.;Germanou A.;Apostolova L. G.;Keller L.;Koutroumani M.;Arnold S. E.;Panza F.;Gkatzima O.;Asthana S.;Hannequin D.;Whitehead P.;Atwood C. S.;Caffarra P.;Hampel H.;Quintela I.;Carracedo A.;Lannfelt L.;Rubinsztein D. C.;Barnes L. L.;Pasquier F.;Frolich L.;Barral S.;McGuinness B.;Beach T. G.;Johnston J. A.;Becker J. T.;Passmore P.;Bigio E. H.;Schott J. M.;Bird T. D.;Warren J. D.;Boeve B. F.;Lupton M. K.;Bowen J. D.;Proitsi P.;Boxer A.;Powell J. F.;Burke J. R.;Kauwe J. S. K.;Burns J. M.;Mancuso M.;Buxbaum J. D.;Bonuccelli U.;Cairns N. J.;McQuillin A.;Cao C.;Livingston G.;Carlson C. S.;Bass N. J.;Carlsson C. M.;Hardy J.;Carney R. M.;Bras J.;Carrasquillo M. M.;Guerreiro R.;Allen M.;Chui H. C.;Fisher E.;Masullo C.;Crocco E. A.;DeCarli C.;Bisceglio G.;Dick M.;Ma L.;Duara R.;Graff-Radford N. R.;Evans D. A.;Hodges A.;Faber K. M.;Scherer M.;Fallon K. B.;Riemenschneider M.;Fardo D. W.;Heun R.;Farlow M. R.;Kolsch H.;Ferris S.;Leber M.;Foroud T. M.;Heuser I.;Galasko D. R.;Giegling I.;Gearing M.;Hull M.;Geschwind D. H.;Gilbert J. R.;Morris J.;Green R. C.;Mayo K.;Growdon J. H.;Feulner T.;Hamilton R. L.;Harrell L. E.;Drichel D.;Honig L. S.;Cushion T. D.;Huentelman M. J.;Hollingworth P.;Hulette C. M.;Hyman B. T.;Marshall R.;Jarvik G. P.;Meggy A.;Abner E.;Menzies G. E.;Jin L. -W.;Leonenko G.;Real L. M.;Jun G. R.;Baldwin C. T.;Grozeva D.;Karydas A.;Russo G.;Kaye J. A.;Kim R.;Jessen F.;Kowall N. W.;Vellas B.;Kramer J. H.;Vardy E.;LaFerla F. M.;Jockel K. -H.;Lah J. J.;Dichgans M.;Leverenz J. B.;Mann D.;Levey A. I.;Pickering-Brown S.;Lieberman A. P.;Klopp N.;Lunetta K. L.;Wichmann H. -E.;Lyketsos C. G.;Morgan K.;Marson D. C.;Brown K.;Martiniuk F.;Medway C.;Mash D. C.;Nothen M. M.;Masliah E.;Hooper N. M.;McCormick W. C.;Daniele A.;McCurry S. M.;Bayer A.;McDavid A. N.;Gallacher J.;McKee A. C.;van den Bussche H.;Mesulam M.;Brayne C.;Miller B. L.;Riedel-Heller S.;Miller C. A.;Miller J. W.;Al-Chalabi A.;Morris J. C.;Shaw C. E.;Myers A. J.;Wiltfang J.;O'Bryant S.;Olichney J. M.;Alvarez V.;Parisi J. E.;Singleton A. B.;Paulson H. L.;Collinge J.;Perry W. R.;Mead S.;Peskind E.;Cribbs D. H.;Rossor M.;Pierce A.;Ryan N. S.;Poon W. W.;Nacmias B.;Potter H.;Sorbi S.;Quinn J. F.;Sacchinelli E.;Raj A.;Spalletta G.;Raskind M.;Caltagirone C.;Bossu P.;Orfei M. D.;Reisberg B.;Clarke R.;Reitz C.;Smith A. D.;Ringman J. M.;Warden D.;Roberson E. D.;Wilcock G.;Rogaeva E.;Bruni A. C.;Rosen H. J.;Gallo M.;Rosenberg R. N.;Ben-Shlomo Y.;Sager M. A.;Mecocci P.;Saykin A. J.;Pastor P.;Cuccaro M. L.;Vance J. M.;Schneider J. A.;Schneider L. S.;Slifer S.;Seeley W. W.;Smith A. G.;Sonnen J. A.;Spina S.;Stern R. A.;Swerdlow R. H.;Tang M.;Tanzi R. E.;Trojanowski J. Q.;Troncoso J. C.;Van Deerlin V. M.;Van Eldik L. J.;Vinters H. V.;Vonsattel J. P.;Weintraub S.;Welsh-Bohmer K. A.;Wilhelmsen K. C.;Williamson J.;Wingo T. S.;Woltjer R. L.;Wright C. B.;Yu C. -E.;Yu L.;Saba Y.;PILOTTO, Alberto;Bullido M. J.;Peters O.;Crane P. K.;Bennett D.;Bosco P.;Coto E.;Boccardi V.;De Jager P. L.;Lleo A.;Warner N.;Lopez O. L.;Ingelsson M.;Deloukas P.;Cruchaga C.;Graff C.;Gwilliam R.;Fornage M.;Goate A. M.;Sanchez-Juan P.;Kehoe P. G.;Amin N.;Ertekin-Taner N.;Berr C.;Debette S.;Love S.;Launer L. J.;Younkin S. G.;Dartigues J. -F.;Corcoran C.;Ikram M. A.;Dickson D. W.;Nicolas G.;Campion D.;Tschanz J.;Schmidt H.;Hakonarson H.;Clarimon J.;Munger R.;Schmidt R.;Farrer L. A.;Van Broeckhoven C.;C O'Donovan M.;DeStefano A. L.;Jones L.;Haines J. L.;Deleuze J. -F.;Owen M. J.;Gudnason V.;Mayeux R.;Escott-Price V.;Psaty B. M.;Ramirez A.;Wang L. -S.;Ruiz A.;van Duijn C. M.;Holmans P. A.;Seshadri S.;Williams J.;Amouyel P.;Schellenberg G. D.;Lambert J. -C.;Pericak-Vance M. A.
2019-01-01
Abstract
Risk for late-onset Alzheimer's disease (LOAD), the most prevalent dementia, is partially driven by genetics. To identify LOAD risk loci, we performed a large genome-wide association meta-analysis of clinically diagnosed LOAD (94,437 individuals). We confirm 20 previous LOAD risk loci and identify five new genome-wide loci (IQCK, ACE, ADAM10, ADAMTS1, and WWOX), two of which (ADAM10, ACE) were identified in a recent genome-wide association (GWAS)-by-familial-proxy of Alzheimer's or dementia. Fine-mapping of the human leukocyte antigen (HLA) region confirms the neurological and immune-mediated disease haplotype HLA-DR15 as a risk factor for LOAD. Pathway analysis implicates immunity, lipid metabolism, tau binding proteins, and amyloid precursor protein (APP) metabolism, showing that genetic variants affecting APP and Aβ processing are associated not only with early-onset autosomal dominant Alzheimer's disease but also with LOAD. Analyses of risk genes and pathways show enrichment for rare variants (P = 1.32 × 10-7), indicating that additional rare variants remain to be identified. We also identify important genetic correlations between LOAD and traits such as family history of dementia and education.
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La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
