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Bioinformatics approaches for genomics and post genomics applications of next-generation sequencing 1-gen-2010 Horner, Ds; Pavesi, G; Castrignano, T; De Meo, Pd; Liuni, S; Sammeth, M; Picardi, Ernesto; Pesole, Graziano
Toward the human inosinome map by ultra-deep transcriptome sequencing data 1-gen-2011 Picardi, Ernesto; Gallo, A; Raho, S; Galeano, F; Pesole, Graziano
High-Throughput Exploration of Multiple Sclerosis Associated Infectious Agents by Unbiased cDNA Deep Sequencing 1-gen-2011 Mangiulli, M; Manzari, C; D’Elia, D; Grillo, G; Licciulli, F; Liuni, S; Consiglio, A; Paluscio, A; Picardi, Ernesto; Valletti, A; Serafini, B; Aloisi, F; Salvetti, M; Ristori, G; Mignone, F; Boria, I; Sbisà, E; Tullo, A; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano
De Novo A-to-I RNA Editing Detection in Human mRNAs by RNA-Seq Data: Towards the Inosinome? 1-gen-2011 Picardi, Ernesto; Gallo, A; Raho, S; Galeano, F; Pesole, Graziano
Expedit: una risorsa web per l’identificazione di eventi di RNA editing in RNA umani da esperimenti di sequenziamento massivo del trascrittoma. 1-gen-2011 Picardi, Ernesto; D’Antonio, M; Castrignanò, T; Pesole, Graziano
454 GS-Flx Titanium Platform: The Experience of ITB-BA. 1-gen-2011 D’Elia, D; Mangiulli, M; Santamaria, M; Paluscio, A; Manzari, C; Caratozzolo, Mf; Marzano, F; Marzano, M; Perlino, E; Fuzio, P; Valletti, A; D'Erchia, ANNA MARIA; Consiglio, A; Gisel, A; Vicario, S; Balech, B; Licciulli, F; Grillo, G; Liuni, S; Picardi, Ernesto; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A.
The Telethon core facility for Next Generation Sequencing Data 1-gen-2011 Castrignanò, T; D’Onorio De Meo, P; Sanna, N; D’Antonio, M; Picardi, Ernesto; Pesole, Graziano
Exploring the Human “Inosinome” Through the ExpEdit Web Service. 1-gen-2011 Picardi, Ernesto; D’Antonio, M; Castrignanò, T; Pesole, Graziano
ExpEdit: a webserver to explore human RNA editing in RNA-Seq experiments 1-gen-2011 Picardi, Ernesto; D'Antonio, M; Carrabino, D; Castrignano, T; Pesole, Graziano
EasyCluster2: clustering and assembly of large-scale Roche 454 transcriptome data for gene validation and alternative splicing analysis 1-gen-2011 Picardi, Ernesto; Stroppa, F; Saladino, S; Bevilacqua, V; Pesole, Graziano
A Bioinformatics Resource to Detect and Classify Non-Coding RNAs in Sequence Datasets from Deep-Sequencing Experiments. 1-gen-2011 Licciulli, F; Consiglio, A; De Caro, G; Fuzio, P; Grillo, G; Liuni, S; Picardi, Ernesto; Pesole, Graziano
Assembly and characterization of pandemic influenza A H1N1 genome in nasopharyngeal swabs using high-throughput pyrosequencing 1-gen-2011 Bartolini, B; Chillemi, G; Abbate, I; Bruselles, A; Rozera, G; Castrignano, T; Paoletti, D; Picardi, Ernesto; Desideri, A; Pesole, Graziano; Capobianchi, M. R.
A first survey of the genomic organization of the T cell receptor gamma locus in Tursiops truncatus 1-gen-2011 Linguiti, G; Vaccarelli, G; Picardi, Ernesto; Antonacci, Rachele; Ciccarese, Salvatrice Maria
REDIdb: An upgraded bioinformatics resource for organellar RNA editing sites 1-gen-2011 Picardi, Ernesto; Regina, Tmr; Verbitskiy, D; Brennicke, A; Quagliariello, C.
A polygalacturonase-inhibiting protein with a role in pea defence against the cyst nematode Heterodera goettingiana 1-gen-2011 Veronico, P; Melillo, Mt; Saponaro, C; Leonetti, P; Picardi, Ernesto; Jones, Jt
ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing 1-gen-2011 Martelli, Pl; D'Antonio, M; Bonizzoni, P; Castrignano, T; D'Erchia, ANNA MARIA; De Meo D'Onorio, P; Fariselli, P; Finelli, M; Licciulli, F; Mangiulli, M; Mignone, F; Pavesi, G; Picardi, Ernesto; Rizzi, R; Rossi, I; Valletti, A; Zauli, A; Zambelli, F; Casadio, R; Pesole, Graziano
An in-silico framework for comparing and validating transcripts predicted from single and paired-end reads. 1-gen-2012 Carrieri, Ap; Beretta, S; Della Vedova, G; Picardi, Ernesto; Pirola, Y; Rizzi, R; Pesole, Graziano; Bonizzoni, P.
REDITOOLS: a suite of python scripts to investigate RNA editing in the next generation sequencing era. 1-gen-2012 Picardi, Ernesto; Pesole, Graziano
A novel general-purpose RNA-Seq protocol optimizing the detection of transcriptome expression complexity. 1-gen-2012 Calabrese, C; Mangiulli, M; Manzari, C; Paluscio, Am; Caratozzolo, Mf; Marzano, F; Kurelac, I; D'Erchia, ANNA MARIA; D’Elia, D; Licciulli, F; Liuni, S; Picardi, Ernesto; Attimonelli, Marcella; Gasparre, G; Porcelli, Am; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A.
De novo detection of A-To-I RNA editing sites in human mRNAs by massive transcriptome sequencing. 1-gen-2012 Picardi, Ernesto; Gallo, A; Raho, S; Galeano, F; Tomaselli, S; Pesole, Graziano
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