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A bioinformatics workflow for the analysis of transcriptome data generated by deep-sequencing.
2010-01-01 Liciulli, F.; Caratozzolo, M. F.; Cornacchia, S.; D'Elia, D.; D'Erchia, ANNA MARIA; Fosso, B.; Grillo, G.; Liuni, S.; Mangiulli, M.; Manzari, C.; Mignone, F.; Paluscio, A.; Picardi, Ernesto; Sbisà, E.; Tullo, A.; Pesole, Graziano
Identification of tumor-associated cassette exons in human cancer through EST-based computational prediction and experimental validation
2010-01-01 Valletti, A; Anselmo, A; Mangiulli, M; Boria, I; Mignone, F; Merla, G; D'Angelo, V; Tullo, A; Sbisa, E; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano
Identification of new p53 regulatory networks through NGS data analysis
2011-01-01 D’Elia, D; Mangiulli, M; Paluscio, Am; Manzari, C; Caratozzolo, Mf; Marzano, F; D'Erchia, ANNA MARIA; Mignone, F; Licciulli, F; Grillo, G; Liuni, S; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A.
High-Throughput Exploration of Multiple Sclerosis Associated Infectious Agents by Unbiased cDNA Deep Sequencing
2011-01-01 Mangiulli, M; Manzari, C; D’Elia, D; Grillo, G; Licciulli, F; Liuni, S; Consiglio, A; Paluscio, A; Picardi, Ernesto; Valletti, A; Serafini, B; Aloisi, F; Salvetti, M; Ristori, G; Mignone, F; Boria, I; Sbisà, E; Tullo, A; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano
Identificazione di eventi di splicing alternativo tumore-specifici mediante predizione computazionale basata su sequenze EST e validazione sperimentale
2011-01-01 Valletti, A; Anselmo, A; Mangiulli, M; Boria, I; Mignone, F; Merla, G; D’Angelo, V; Tullo, A; Sbisà, E; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano
454 GS-Flx Titanium Platform: The Experience of ITB-BA.
2011-01-01 D’Elia, D; Mangiulli, M; Santamaria, M; Paluscio, A; Manzari, C; Caratozzolo, Mf; Marzano, F; Marzano, M; Perlino, E; Fuzio, P; Valletti, A; D'Erchia, ANNA MARIA; Consiglio, A; Gisel, A; Vicario, S; Balech, B; Licciulli, F; Grillo, G; Liuni, S; Picardi, Ernesto; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A.
ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing
2011-01-01 Martelli, Pl; D'Antonio, M; Bonizzoni, P; Castrignano, T; D'Erchia, ANNA MARIA; De Meo D'Onorio, P; Fariselli, P; Finelli, M; Licciulli, F; Mangiulli, M; Mignone, F; Pavesi, G; Picardi, Ernesto; Rizzi, R; Rossi, I; Valletti, A; Zauli, A; Zambelli, F; Casadio, R; Pesole, Graziano
Identification of Tumor-Associated Alternative Splicing Events in Human Cancer Through EST-based Computational Prediction and Experimental Validation
2011-01-01 Valletti, A; Anselmo, A; Mangiulli, M; Boria, I; Mignone, F; Merla, G; D’Angelo, V; Tullo, A; Sbisà, E; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano
TRIM8 suppresses cell proliferation by antagonizing DNp63a oncogenic activity
2012-01-01 Caratozzolo, Mf; Lopardo, T; Marzano, F; Valletti, A; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Guerrini, L; Tullo, A.
Characterization of Epstein-Barr virus genotypes in multiple sclerosis.
2012-01-01 Policano, C; Mechelli, R; Manzari, C; Picardi, Ernesto; Annibali, V; Umeton, R; Coarelli, G; Ricigliano, V; D'Erchia, ANNA MARIA; Tullo, A; Pesole, Graziano; Ristori, G; Salvetti, M.
A novel general-purpose RNA-Seq protocol optimizing the detection of transcriptome expression complexity.
2012-01-01 Calabrese, C; Mangiulli, M; Manzari, C; Paluscio, Am; Caratozzolo, Mf; Marzano, F; Kurelac, I; D'Erchia, ANNA MARIA; D’Elia, D; Licciulli, F; Liuni, S; Picardi, Ernesto; Attimonelli, Marcella; Gasparre, G; Porcelli, Am; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A.
Characterization of Epstein-Barr virus genotypes in multiple sclerosis by 454 deep sequencing
2012-01-01 Manzari, C; Picardi, Ernesto; Mechelli, R; Policano, C; Umeton, R; Paluscio, Am; D'Erchia, ANNA MARIA; Tullo, A; Ristori, G; Salvetti, M; Pesole, Graziano
TRIM8 up-regulation restores p53 tumor suppressor activity in renal cell carcinoma
2012-01-01 Caratozzolo, Mf; Valletti, A; Gigante, M; Aiello, I; Mastropasqua, F; Battaglia, Michele; Carrieri, G; D'Erchia, ANNA MARIA; Ranieri, E; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A.
TRIM8: a new key modulator of the p53 pathway.
2012-01-01 Caratozzolo, M. F.; Mastropasqua, F.; Aiello, I.; Lopardo, T.; Marzano, F.; Valletti, A.; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano; Sbisà, E.; Guerrini, L.; Tullo, A.
Experimental and computational strategies for exploring Biodiversity through Metagenomic approaches
2012-01-01 Santamaria, M; Fosso, B; Marzano, M; Manzari, C; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano
Identification of tumor-associated cassette exons in human cancer through exon-array and RNA-Seq data analysis.
2012-01-01 Valletti, A; Palumbo, O; D'Antonio, M; Castrignanò, T; Gigante, M; Carella, M; Picardi, Ernesto; D'Erchia, ANNA MARIA; Ranieri, E; Pesole, Graziano
TRIM8 modulates p53 activity to dictate cell cycle arrest
2012-01-01 Caratozzolo, Mf; Micale, L; Turturo, Mg; Cornacchia, S; Fusco, C; Marzano, F; Augello, B; D'Erchia, ANNA MARIA; Guerrini, L; Pesole, Graziano; Sbisa, E; Merla, G; Tullo, A.
TRIM8 antiproliferative action against chemo-resistant Renal Cell Carcinoma with wild-type p53.
2013-01-01 Caratozzolo, Mf; Valletti, A; Gigante, M; Aiello, I; Mastropasqua, F; Marzano, F; Battaglia, Michele; Carrieri, G; Simonnet, M; D'Erchia, ANNA MARIA; Ranieri, E; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A.
Aquatic microbiome diversity under the influence of jellyfish bloom through the application of an Illumina-based protocol
2013-01-01 Manzari, C; Fosso, B; Marzano, M; Annese, A; Intranuovo, M; D'Erchia, ANNA MARIA; Gissi, Carmela; Picardi, Ernesto; Santamaria, M; Caprioli, R; Scorrano, S; Stabili, L; Piraino, S; Pesole, Graziano
New insights from massive transcriptome sequencing for amyotrophic lateral sclerosis
2013-01-01 Picardi, Ernesto; Manzari, C; Tomaselli, S; Horner, D; Chiara, M; Gallo, A; Mastropasqua, F; Valletti, A; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano
| Titolo | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
|---|---|---|---|
| A bioinformatics workflow for the analysis of transcriptome data generated by deep-sequencing. | 1-gen-2010 | Liciulli, F.; Caratozzolo, M. F.; Cornacchia, S.; D'Elia, D.; D'Erchia, ANNA MARIA; Fosso, B.; Grillo, G.; Liuni, S.; Mangiulli, M.; Manzari, C.; Mignone, F.; Paluscio, A.; Picardi, Ernesto; Sbisà, E.; Tullo, A.; Pesole, Graziano | |
| Identification of tumor-associated cassette exons in human cancer through EST-based computational prediction and experimental validation | 1-gen-2010 | Valletti, A; Anselmo, A; Mangiulli, M; Boria, I; Mignone, F; Merla, G; D'Angelo, V; Tullo, A; Sbisa, E; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano | |
| Identification of new p53 regulatory networks through NGS data analysis | 1-gen-2011 | D’Elia, D; Mangiulli, M; Paluscio, Am; Manzari, C; Caratozzolo, Mf; Marzano, F; D'Erchia, ANNA MARIA; Mignone, F; Licciulli, F; Grillo, G; Liuni, S; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A. | |
| High-Throughput Exploration of Multiple Sclerosis Associated Infectious Agents by Unbiased cDNA Deep Sequencing | 1-gen-2011 | Mangiulli, M; Manzari, C; D’Elia, D; Grillo, G; Licciulli, F; Liuni, S; Consiglio, A; Paluscio, A; Picardi, Ernesto; Valletti, A; Serafini, B; Aloisi, F; Salvetti, M; Ristori, G; Mignone, F; Boria, I; Sbisà, E; Tullo, A; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano | |
| Identificazione di eventi di splicing alternativo tumore-specifici mediante predizione computazionale basata su sequenze EST e validazione sperimentale | 1-gen-2011 | Valletti, A; Anselmo, A; Mangiulli, M; Boria, I; Mignone, F; Merla, G; D’Angelo, V; Tullo, A; Sbisà, E; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano | |
| 454 GS-Flx Titanium Platform: The Experience of ITB-BA. | 1-gen-2011 | D’Elia, D; Mangiulli, M; Santamaria, M; Paluscio, A; Manzari, C; Caratozzolo, Mf; Marzano, F; Marzano, M; Perlino, E; Fuzio, P; Valletti, A; D'Erchia, ANNA MARIA; Consiglio, A; Gisel, A; Vicario, S; Balech, B; Licciulli, F; Grillo, G; Liuni, S; Picardi, Ernesto; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A. | |
| ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing | 1-gen-2011 | Martelli, Pl; D'Antonio, M; Bonizzoni, P; Castrignano, T; D'Erchia, ANNA MARIA; De Meo D'Onorio, P; Fariselli, P; Finelli, M; Licciulli, F; Mangiulli, M; Mignone, F; Pavesi, G; Picardi, Ernesto; Rizzi, R; Rossi, I; Valletti, A; Zauli, A; Zambelli, F; Casadio, R; Pesole, Graziano | |
| Identification of Tumor-Associated Alternative Splicing Events in Human Cancer Through EST-based Computational Prediction and Experimental Validation | 1-gen-2011 | Valletti, A; Anselmo, A; Mangiulli, M; Boria, I; Mignone, F; Merla, G; D’Angelo, V; Tullo, A; Sbisà, E; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano | |
| TRIM8 suppresses cell proliferation by antagonizing DNp63a oncogenic activity | 1-gen-2012 | Caratozzolo, Mf; Lopardo, T; Marzano, F; Valletti, A; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Guerrini, L; Tullo, A. | |
| Characterization of Epstein-Barr virus genotypes in multiple sclerosis. | 1-gen-2012 | Policano, C; Mechelli, R; Manzari, C; Picardi, Ernesto; Annibali, V; Umeton, R; Coarelli, G; Ricigliano, V; D'Erchia, ANNA MARIA; Tullo, A; Pesole, Graziano; Ristori, G; Salvetti, M. | |
| A novel general-purpose RNA-Seq protocol optimizing the detection of transcriptome expression complexity. | 1-gen-2012 | Calabrese, C; Mangiulli, M; Manzari, C; Paluscio, Am; Caratozzolo, Mf; Marzano, F; Kurelac, I; D'Erchia, ANNA MARIA; D’Elia, D; Licciulli, F; Liuni, S; Picardi, Ernesto; Attimonelli, Marcella; Gasparre, G; Porcelli, Am; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A. | |
| Characterization of Epstein-Barr virus genotypes in multiple sclerosis by 454 deep sequencing | 1-gen-2012 | Manzari, C; Picardi, Ernesto; Mechelli, R; Policano, C; Umeton, R; Paluscio, Am; D'Erchia, ANNA MARIA; Tullo, A; Ristori, G; Salvetti, M; Pesole, Graziano | |
| TRIM8 up-regulation restores p53 tumor suppressor activity in renal cell carcinoma | 1-gen-2012 | Caratozzolo, Mf; Valletti, A; Gigante, M; Aiello, I; Mastropasqua, F; Battaglia, Michele; Carrieri, G; D'Erchia, ANNA MARIA; Ranieri, E; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A. | |
| TRIM8: a new key modulator of the p53 pathway. | 1-gen-2012 | Caratozzolo, M. F.; Mastropasqua, F.; Aiello, I.; Lopardo, T.; Marzano, F.; Valletti, A.; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano; Sbisà, E.; Guerrini, L.; Tullo, A. | |
| Experimental and computational strategies for exploring Biodiversity through Metagenomic approaches | 1-gen-2012 | Santamaria, M; Fosso, B; Marzano, M; Manzari, C; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano | |
| Identification of tumor-associated cassette exons in human cancer through exon-array and RNA-Seq data analysis. | 1-gen-2012 | Valletti, A; Palumbo, O; D'Antonio, M; Castrignanò, T; Gigante, M; Carella, M; Picardi, Ernesto; D'Erchia, ANNA MARIA; Ranieri, E; Pesole, Graziano | |
| TRIM8 modulates p53 activity to dictate cell cycle arrest | 1-gen-2012 | Caratozzolo, Mf; Micale, L; Turturo, Mg; Cornacchia, S; Fusco, C; Marzano, F; Augello, B; D'Erchia, ANNA MARIA; Guerrini, L; Pesole, Graziano; Sbisa, E; Merla, G; Tullo, A. | |
| TRIM8 antiproliferative action against chemo-resistant Renal Cell Carcinoma with wild-type p53. | 1-gen-2013 | Caratozzolo, Mf; Valletti, A; Gigante, M; Aiello, I; Mastropasqua, F; Marzano, F; Battaglia, Michele; Carrieri, G; Simonnet, M; D'Erchia, ANNA MARIA; Ranieri, E; Pesole, Graziano; Sbisà, E; Tullo, A. | |
| Aquatic microbiome diversity under the influence of jellyfish bloom through the application of an Illumina-based protocol | 1-gen-2013 | Manzari, C; Fosso, B; Marzano, M; Annese, A; Intranuovo, M; D'Erchia, ANNA MARIA; Gissi, Carmela; Picardi, Ernesto; Santamaria, M; Caprioli, R; Scorrano, S; Stabili, L; Piraino, S; Pesole, Graziano | |
| New insights from massive transcriptome sequencing for amyotrophic lateral sclerosis | 1-gen-2013 | Picardi, Ernesto; Manzari, C; Tomaselli, S; Horner, D; Chiara, M; Gallo, A; Mastropasqua, F; Valletti, A; D'Erchia, ANNA MARIA; Pesole, Graziano |
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